После окончания университета Герман Николаевич начал свой профессиональный путь с преподавания в вечерней, а затем в школе Василеостровского района. Этот практический опыт стал фундаментом для его дальнейшей научно-методической деятельности. В 1971 году он успешно защитил кандидатскую диссертацию, посвящённую творчеству Г.Р. Державина. Научная карьера развивалась стремительно: с 1974 по 1979 год он занимал должность старшего научного сотрудника в НИИ общего образования взрослых АПН СССР, а затем стал доцентом кафедры литературы Высшей профсоюзной школы культуры.
Знаковым этапом в его биографии стало создание в 1990 году кафедры литературы на факультете народов Крайнего Севера РГПУ им. Герцена. В 1992 году Ионин защитил докторскую диссертацию, в которой разработал актуальнейшую проблему взаимосвязи академического литературоведения и школьного изучения литературы. Его научные интересы были необычайно широки: от Державина, Радищева и Пушкина до Чехова, Есенина, Ахматовой и Булгакова. Став профессором и член-корреспондентом Петровской академии, издав множество учебников и методических трудов, он, казалось бы, полностью реализовал себя как учёный. Однако главным сюжетом своей жизни Герман Николаевич всегда считал литературное творчество.
Центральное место в научно-методическом наследии Г.Н. Ионина занимает идея интерпретации художественного текста. В своей ключевой статье 1993 года он писал: «Утверждение права ученика на свою интерпретацию художественного текста в корне меняет требования к учителю... который профессионально обеспечивает ученику возможность найти себя в литературе и идти в этих поисках своим путем, т.е. путем своих, ученических, а не учительских интерпретаций».
Эти принципы были блестяще воплощены, например, в системе уроков по роману «Евгений Онегин». Учёный рассматривал школьное литературоведение как диалог автора и читателя, где crucialную роль играют живые эмоции, работа воображения и пробуждение «гражданской мысли» у учащихся.
Для практической реализации этого подхода Г.Н. Ионин разработал новаторскую типологию, выделяя три группы школьников по их литературным способностям: «критики», «литературоведы» и «художники». Для каждой из них предлагался свой метод постижения произведения:
- Метод художественной интерпретации, где ученик становится творцом, а учитель — режиссёром-наставником.
- Критико-публицистический метод, ориентированный на создание литературно-критических текстов под редакторским руководством педагога.
- Метод литературного поиска, при котором ученик ведёт исследование, а учитель выступает в роли научного руководителя.
При этом учёный выделял три уровня овладения любым методом: от репродуктивного подражания через эвристическую вариацию к высшему — самостоятельному творчеству.
Эти идеи нашли прямое отражение в учебниках для 10–11 классов под редакцией Г.Н. Ионина, вошедших в Федеральный перечень. В них выстроена чёткая система деятельности: от погружения в текст через подготовку устной интерпретации к самостоятельной письменной работе в выбранном учеником жанре — будь то полемические заметки, читательский дневник, исследование или сценарий. Таким образом, теория учёного-методиста стала действенным инструментом для развития творческого потенциала каждого школьника.